System oceniania w klasach integracyjnych jest spójny z Wewnątrzszkolnym Systemem Oceniania.  Nauczyciele uczący w klasach integracyjnych są zobowiązani do dostosowania wymagań edukacyjnych do możliwości ucznia, u którego stwierdzono specyficzne trudności w uczeniu się lub deficyty rozwojowe, uniemożliwiające sprostanie wymaganiom, wynikającym  z programu nauczania. Oceniając uczniów z orzeczeniem nauczyciele uwzględniają przede wszystkim postępy poszczególnych uczniów oraz biorą pod uwagę wkładany wysiłek i stopień wywiązywania się z obowiązków szkolnych.